新疆优质棉基地建设工作，从1985年开始，至2000已历时15年。在国家大力支持下，先后有27个县（市）分批列入国家优质棉基地建设项目。这些县（市）是：1985年安排巴楚、吐鲁番2县（市）；1986年安排麦盖提县；1990年安排沙雅、博乐2县（市）；1991年安排莎车、洛浦2县；1993年安排乌苏、岳普湖、疏附3县；1994年安排库车、阿瓦提、叶城3县；1995年安排疏勒、伽师、精河、玛纳斯、尉犁、墨玉6县；“九五”时期安排沙湾、玉田、库尔勒、泽普、新和、托克逊、呼图壁、温宿等8个县（市）。国家级优质棉基地县建设期为2年，采取国家和地方联合投资办法，主要进行良种棉加工厂、原种场、农技推广中心等三项工程建设。在此期间，自治区筹借包括粮棉差价款、国家拨改贷资金、银行贷款等方面的投资，选择托克逊、疏勒、库车等县及乌苏市的哈图布呼、精河县的阿合奇等地方国有农场进行优质棉项目建设。对国家认定的27个优质棉基地县（市），投资计划总额10 036.5万元，其中：中央投资4 236万元。

1986～1988年，国家农业部分三批在新疆建设9个优质棉基地。第一批是吐鲁番棉区（包括吐鲁番市、鄯善县）和巴楚县棉区。基地建设包括棉花原种繁育场、良种轧花厂、农业技术推广中心三项工程。1986年开始建设，1987年竣工投产。第二批是，麦盖提县三项工程建设和沙湾、叶城县的农业技术推广中心，1988年建设，当年投产使用。第三批是墨玉、沙雅、阿瓦提县、博乐市4个农业技术推广中心，1988年减少，1989年春建成。三年三批优质棉基地建设总投资1 743.16万元，其中：中央投资837万元，自治区配套625.66万元，地州配套111万元，基地县自筹169.5万元。9个优质棉基地的建设规模均按农业部核准的建设项目标准进行。已竣工的5个基地，土建工程总计42 953.72平方米，轧花机械设备52台件，棉花原种生产面积252公顷，每年可生产原种378吨；良种繁殖区面积5.53千公顷，每年可提供良种8 150吨。此外，还采用各种形式举办各种培训班86期，培训24 286人次。

在优质棉基地建设项目中，麦盖提县完成最好。1988年4月动工，11月全部建成。优质棉基地建设以填平补齐为原则。建设规模为。棉花原种场基地由原占地57公顷扩展到80公顷，投资58.6万元；棉花良种轧花厂为三台型轧花厂，占地面积9.6公顷，年加工良种能力为3000～3500吨，可供20～23.3千公顷棉田用种，投资270.1万元；农业技术推广中心建设面积2750平方米，投资105万元。棉花原种场当年安排原种面积46.7公顷，生产一、二代棉种33吨，棉花良种轧花厂建成后，一次试车成功。当年收购良种棉花4440吨，加工良种2690吨，县农技推广中心完工后，当年培训县、乡、村干部及村民1596人次。1990年，全区9个优质棉基地县完成开荒配套73.41千公顷，改造中低产田83.85千公顷；三年累计完成开荒农田面积202.84千公顷，改造中低产田237千公顷。在三年开荒土地上种植农作物149.3千公顷，种植及管理农田防护林带10.29千公顷。

1988年3月6日，国务院印发《关于研究新疆发展棉纺和糖业生产问题的会议纪要》，确定将新疆列为国家重点棉花甜菜开发区，到1995年把新疆建成国家级棉花、甜菜商品生产基地，以保证长期稳定地向国家提供商品棉花和食糖。

根据《纪要》精神，自治区在3月9日召开的州长、市长、专员会议上，部署棉花甜菜基地开发建设任务，5月14日又专门召开全区棉花甜菜基地开发建设工作会议，进一步落实当年的开发计划。自治区还成立由铁木尔·达瓦买提主席任组长的棉花甜菜基地开发领导小组，制定《关于开发棉花甜菜生产的若干政策规定》，印发各地试行。一些县根据本地实际情况，制定更加优惠的办法。

7月8日，《新疆维吾尔自治区棉花甜菜基地开发建设协议书》在北京正式签字。国家土地开发建设基金管理领导小组副组长、农业部部长何康，财政部副部长项怀成，自治区主席铁木尔·达瓦买提，自治区农业厅副厅长单尚志分别代表国务院和自治区人民政府在协议书上签字。国务院副总理田纪云出席签字仪式。《协议》规定，新疆要在1988年到1990年三年内，完成开荒200千公顷、改造低产田200千公顷，地方和生产建设兵团任务六四开。保证棉花总产量在1987年27.5万吨的基础上增加到35～45万吨，甜菜总产量在1987年90万吨的基础上增加到200～240万吨。初步规划，新疆棉花甜菜基地到1995年建成。8年累计开荒533.3千公顷，改造低产田533.3千公顷，1995年棉花总产量将达到50～60万吨，甜菜总产量将达到460～560万吨。《协议》还规定，新开发的耕地，从第二年算起五年内免交农业税，对银行贷款给予适当贴息；大型水利设施建设继续由国家投资。对基地建设所需的化肥、地膜，农药、柴油等物资，国家将给予适当照顾。

据水利部门统计，1988年，全区共开荒112.23千公顷（含兵团31.53千公顷），完成计划的168.34%,当年种植44.51千公顷，改造低产田78.47千公顷（兵团27.33千公顷），完成计划的117.71%。新建渠道1112千米，新打机井489眼，架设高压线路390.5千米，修建桥涵闸596座，完成土石方7141.52万立方米、混凝土方5117立方米。

1988年1月，国家农牧渔业部给自治区安排日本“黑字还流”贷款2000万美元，用于建设棉花出口生产基地。其中：地方1200万美元由自治区农业厅主管，自治区配套投资3100万元，安排在10个地方国营农场、良种场，进行开荒植棉，建设优质棉出口生产基地。计划开荒15.33千公顷，扩大植棉面积10.67千公顷，年产出口棉花9000吨，产粮豆2万吨。这1O个农场是：乌苏县哈图布呼农场、古尔图牧场，沙湾县良种场，莎车县良种场，温宿县青年跃进农场，共青团场，阿瓦提县丰收农场、丰收三农场，尉犁县良种场、孔雀农场。项目建设期为5年，贷款偿还期10年，含宽限期5年。第一批贷款600万美元的转贷协议于12月12日由自治区地方国营农场外资项目办公室与经贸部国际贸易信托投资公司正式签署。这个项目主要建设内容是：勘测设计、技术培训及技术服务设施，开荒15.33千公顷，配套水利和输变电工程，购置农机具，兴建6座棉花综合加工厂。9月，项目可行性研究报告通过国家计委审批。年底，有7个农场完成水土开发的总体规划设计。10个农场当年完成开荒面积666.7公顷，建起棉花综合加工厂l座。第一批贷款的物资采购工作已全面展开。

1989年，开始实施的自治区地方国营农场用日本国政府“黑字还流”贷款建设优质棉出口基地项目，第一期计划在8个地方国营农场（阿瓦提县丰收一农场、丰收三农场，温宿县青年跃进农场、共青团农场，库尔勒市普惠农场，尉犁县孔雀农场，乌苏县哈图布呼农场，沙湾县良种场）开荒7.67千公顷，扩大植棉面积4千公顷，增加棉花3000吨；总投资3900万元，其中利用日本“黑字还流”贷款600万美元，地、县和农场自筹1500万元；建设期5年。至1990年底已完成投资1942万元，开荒4.13千公顷（播种1.6千公顷），改造低产田2 000公顷。项目的实施促进棉花生产的发展，与1988年相比，8个农场的棉花播种面积增加1 466.7公顷，达到4 000公顷；单产提高25千克，达到73千克；总产增加2520吨。1990年委托新疆纺织品进出口公司代理出口棉花1350吨，创汇260万美元。

1990年是新疆和国家签订三年棉粮基地建设协议的最后一年。为了进一步加强管理工作，自治区农业综合开发领导小组制定和完善计划以及计划情况报表、项目管理办法、项目验收办法，补签自治区和有关地州的建设协议书，并对前两年的棉糖基地开发进行初步验收。据统计，1990年完成开荒配套73.41千公顷，完成低产田改造配套83.85千公顷。三年累计，完成开荒配套202.84千公顷，完成改造低产田配套237.03千公顷。1990年，在3年开荒地上种植农作物149.31千公顷，种植及管理农田防护林带10.29千公顷。

1991年3月，自治区人民政府修改发布《新疆维吾尔自治区关于同外省区联合开发棉花生产基地若干问题的试行办法》后，先后与四川省、天津市、浙江省、浙江省舟山市、辽宁省大连市签订联合开发棉花生产基地协议，引进资金总额7 950万元。其中：四川省1 500万元，天津市1 250万元，大连市700万元，舟山市500万元全部落实，并向7个地（州）的19个县（市）和农场分配9 200公顷的开荒任务和3 450万元的开发资金。

1995年，19个优质棉基地县（市）棉花播种面积308千公顷，占作物总播面积的38.4%，较自治区的24.3%高出14个百分点。19个县(市)棉花总产量43万吨，平均亩产93千克，国家收购量39.6万吨，总产量和收购量分别占到全区的46%和42%。随着良种繁育、加工、供应能力的提高和先进技术的推广普及，在基地县涌现出一批高产典型。1991年，巴楚县21.3千公顷棉田，平均亩产达到91.5千克；麦盖提县14.7千公顷棉田平均亩产突破100千克大关，实际达到113.8千克，创造全国大面积棉花单产的最高纪录。巴楚、麦盖提等县以棉花生产为突破口，在自治区率先达到人均收入1 000元以上，为南疆贫困县脱贫致富起到示范作用。1995年，全区有7个县（市）平均亩产皮棉超过100千克，其中有5个县是优质棉基地县，分别是麦盖提、巴楚、岳普湖、尉犁、沙雅县。

1995年，伽师、精河、疏勒、玛纳斯、尉犁、墨玉县棉花生产基地建设投资各400万元，其中国家投资160万元，自治区配套96万元，地县配套144万元。沙雅、博乐续建棉花基地建设县建设总投资各120万元，其中中央投资40万元，自治区配套32万元，地县配套48万元，建设期为1995～1996年，主要建设内容是为区域服务的良种繁育基地及配套设施建设。

1997年，国家级新建棉花基地县4个，沙湾县、于田县、库尔勒市、兵团1个；续建完善3个：库车县、麦盖提县、巴楚县。

2000年，完成投资8 042.6万元，完成计划的71.1%，其中：中央投资的4236万元，全部下拨各基地县（市），自治区投资1 151万元，地、县投资2 656万元。27个优质棉基地县（市）棉花播种面积205.3千公顷，占农作物总播种面积的25.5%，较全区的24.3%高出1.2百分点。27个县（市）棉花总产量43万吨，平均亩产93千克，国家收购量39.6万吨，总产量和收购量分别占全区的46%、42%。

“十五”期间，国家利用国债项目，加大对新疆优质棉基地建设的支持力度。中央每年安排国债资金1.5亿元，五年共7.5亿元（其中地方5亿元，兵团2.5亿元）。重点实施棉花品种优化工程、无公害植保工程、节水灌溉与科学施肥工程等建设项目。另外，引进少量自走式和悬挂式采棉机、清花机，为新疆棉花生产增添现代化的气息。

棉花品种优化工程集中资金建成3个育种基地，5个区域原种生产基地，29个商品种子生产基地。新建及配套完善种子加工生产线33条，加工设备120台（件），购置种子检验仪器180台（件），新建彩钢结构种子加工厂房8 000平方米，种子库房2万平方米。全区棉花加工能力较项目实施前提高30%，商品棉种子达标率提高15个百分点。全疆棉花品种由过去的30多个控制到不足20个。良种覆盖率达98%，新品种覆盖率达90%。以棉花摸下滴灌节水技术推广为突破口，在主产棉地区大力建设棉花高产高效综合技术示范区，把棉花高密度栽培技术、测土配方施肥技术等组装配套集成应用，提高水、肥、光、热、温要素的利用率。到2005年，新增棉田节水规模达到45.33万公顷，占全区棉田面积的40%。增产幅度、节水效果、肥料利用率都非常明显。高密度栽培加摸下滴灌节水技术是“十五”优质棉基地建设最成熟的科技成果和科技储备。

无公害植保工程。建成国内最大的农作物省际灾害预警监控网络体系，配备先进的观测仪器和计算机网络，提高棉花病虫害预报和防治的及时性、准确性，预报准确率提高5～10个百分点，灾害预报能力从中尺度向长尺度跨越，预报期限增加1个月。经过项目建设使新疆棉花病虫危害损失降低3～5个百分点，防治效果提高30%以上。

截至2005年，新疆棉花种植面积达到116.25万公顷，比1999年增加16.66万公顷，增幅16.7%；总产量达到195.7万吨，较1999年增加54.95万吨，增幅39%；棉花原棉产值达到192亿元，占大农业总产值的29%，2005年，新疆棉花种植面积和总产量分别占全国的23%和34%。

“十一五”期间，国家继续利用国债资金支持新疆建设优质棉基地。安排国债资金额度与“十五”相同，重点用于棉花滴灌节水和采棉机、清花设备购置补贴方面。