1986年初全区18个县（市）、48个乡兴办了沼气，拥有沼气池1231座，总容积11000多立方米。其中50—200立方米大型沼气工程三处，分布在新源县、呼图壁县奶牛场和吉木萨尔县肉类加工厂。平均利用率62%。1986年，在库车县举办了沼气池建池技术培训班。培训《全国水压式沼气池施工操作规程》《水压式沼气池质量检查验收标准》《农村沼气发酵工艺规程》《沼气池输气管路设计安装试行办法》，在发展新建池的同时，抓了原池的维修和管理。是年，农业部下达新疆国家试点县资助资金10.5万元，其中拨付沼气资助资金3.5万元，拨给伊犁地区、阿克苏地区、和田地区和克孜勒苏柯尔克孜自治州、昌吉回族自治州，新建沼气池300个，维修沼气旧池300个，年末实际完成户用沼气池104个，报废285个，年末累计户用沼气数量为1023个。是年，召开“自治区农村推广省柴节煤灶、沼气工作会议”，安排了《新疆维吾尔自治区农村推广省柴节煤灶、沼气“七五”发展计划》，计划“七五”期间完成户用沼气池2000座。 但，“七五”期间，农村沼气数量从1986年初的1231座，1990年底减到600座。

进入90年代后，随着农村经济的发展，农民生活水平日益提高，乡镇企业异军突起，能源消费量激增，农村能源面临新的严峻的挑战。农村能源综合建设，应用大系统观点、综合建设的思路，以县为单元，因地制宜地开发和利用当地能源资源，建立多能互补的用能功能体系，完善农村能源组织管理、产业和服务体系，解决农村能源供需矛盾，主要发展农村省柴节煤灶、太阳能、风能等节能技术，同时，农村沼气建设发展缓慢，甚至出现倒退现象，农村户用沼气数量从1990年的600户降到1995年的347户。

1992 年6 月, 联合国环境与发展大会在巴西里约热内卢召开, 会议提出并通过了全球的可持续发展战略—《21世纪议程》。1994 年7 月4日, 国务院批准了我国的第一个国家级可持续发展战略—《中国21 世纪人口、环境与发展白皮书》。1999年１月国务院常务会议讨论通过了《全国生态环境建设规划》，2000年12月27日，《国务院关于实施西部大开发若干政策措施》正式出台，提出加强生态建设和环境保护，改善西部地区生产条件和生态环境。

为贯彻国家西部大开发和生态环境建设战略，农业部根据农村能源发展形势和技术现状提出生态家园富民工程，以期达到家居温暖清洁化，庭院经济高效化，农业生产无害化，形成农户基本生活、生产单元内部的生态良性循环，取得改善生态环境、增加农民收入、促进贫困农民脱贫致富的综合效益。其建设内容为根据地区资源和社会经济特点，在一个单元（户、村、乡）内将农村可再生能源工程进行优化组合，集成配套，建设成能源、生态经济良性循环的生态家园。

在全国农村能源综合建设试点取得成功后，国家提出 “八五”期间在全国建设100个农村能源综合建设重点县，1991年确定新疆泽普县和吉木萨尔县为重点县，1995年全国“百县”农村能源综合建设国家试点县泽普县和吉木萨尔县通过了国家验收。1996年，皮山县和尉犁县被批准为全国“百县”农村能源综合建设国家试点县。是年新疆有1个单位、4人获全国“八五”农村能源综合建设项目先进集体和先进个人。先进集体：泽普县农业局；先进个人：李志新（自治区计委能源处）、刘军（自治区农村能源办公室）、田世文（喀什地区农村能源办公室）、季元顺（吉木萨尔县农业局）。

1996年自治区计委、经贸委、科委、财政厅、农业厅、林业厅、水利厅、电力局联合发出《关于“九五”开展农村能源综合建设的通知》，确定在完成国家试点县任务的基础上，增加库车、巩留、墨玉、鄯善、叶城、英吉沙等6个自治区级农村能源综合建设试点县。至年末8个试点已完成“九五”农村能源综合建设的规划编制，并按规划项目开始逐步实施。

1998～2000年自治区积极推广以沼气为中心的能源生态致富工程，在乌苏、沙湾、吉木萨尔、木垒等县(市)示范推广“四位一体”农村能源生态模式200多户，使太阳能和沼气综合利用技术与种植业、养殖业相结合，取得突出的能源、经济和生态效益。农村户用沼气数量从1995年底347户增加到528户。