1988年，国务院正式批准把新疆列为国家甜菜商品生产基地。到1990年，第一期棉糖基地开发建设工程结束，三年国家共投资1.8亿元，自治区及地县配套投资1亿元多，共开垦荒地20万公顷，有效地增加甜菜种植面积。1990年同1987年相比，甜菜面积从3.49万公顷发展到6.7万公顷；总产量从96.5万吨增加到224.37万吨。1991～1993年，第二期棉糖基地开发建设继续进行。三年国家共投资1.8亿元。甜菜生产又上了一个新的阶段。

通过“八五”到“十五”时期的建设，新疆建设焉耆、霍城、新源、福海、玛纳斯县等5个糖料商品生产基地县。

1993年，焉耆回族自治县由国家计委、农业部列入国家“八五”第二批糖料商品生产基地。在1993～1994年两年建设期内总投资225万元，其中：中央投资90万元，自治区及地（州）、县投资135万元。主要建设项目为农技推广体系和良种繁育体系的完善与配套。农技推广体系建设的主要内容是：建设作物栽培站、甜菜试验站、植保检疫站、土肥站、园艺蔬菜站、农经站、能源环保办、农经服务部等。良种繁育体系建设主要是：建设和完善县种子站仓储、加工、检验基础设施，以及乡（片）供种站、甜菜良种繁育基地母根窖等。到1995年，投资计划和建设任务均已完成。（1994年, 奇台县甜菜基地。）1997～1998年，“九五”第一批，新疆糖料基地霍城县，总投资181.3万元，其中中央投资180万元，地方配套资金1.3万元。1999～2000年，福海县、焉耆县、玛纳斯县建成“九五”第二批糖料商品生产基地县，总投资413.6万元，其中：福海县228.6万元，焉耆县105万元，玛纳斯县80万元；总投资中中央投资310万元，地方配套资金103.6万元（福海县：中央投资170万元，地方配套资金58.6万元；焉耆县：中央投资60万元，地方配套资金45万元；玛纳斯县：中央投资80万元）。

“十五”期间，在玛纳斯、新源县建立“十五”第一批糖料商品生产基地县，总投资390万元，其中：玛纳斯县150万元，新源县240万元；总投资中国家投资资金260万元，地方配套资金130万元（玛纳斯县：中央投资100万元，地方配套资金50万元；新源县：中央投资160万元，地方配套资金80万元）。自治区农科院经作所建立甜菜良种繁育基地，总投资90万元，其中：国家投资资金70万元，地方配套资金20万元。伊宁县建立甜菜产业化示范基地，总投资190万元，其中：中央投资资金150万元，地方配套资金40万元。