第二次全国污染源普查是在国务院的统一部署下，依据《全国污染源普查条例》开展的一次重大的国情调查，是在全面建成小康社会进入决胜阶段，坚决打好污染防治攻坚战的大背景下实施的一项系统工程，是为全面摸清建设“美丽中国”生态环境家底，采取得一项重大的举措。

第一次全国污染源普查，历时将近四年的时间，获得了不错的成果，为当时加强污染防治，做好环境保护提供了有力的支撑和保障。组织开展第二次全国污染源普查，就是要在第一次污染源普查的基础上，以改善生态环境质量为核心，以影响生态环境质量的主要污染物、敏感污染物为重点，建立健全重点污染源的档案，污染源信息数据库和环境统计平台，掌握一套真实的能够反映全国和不同区域、流域环境的污染物的排放数据，形成一张可动态更新的污染源的名录库、电子地图，建立一套科学的污染物排放核算方法，为我们加强污染源的监管，改善环境质量，防控环境风险，服务环境与发展的综合决策提供有力的、科学的依据和重要的支撑。此次普查工作分为前期准备、清查建库、普查试点、入户调查、产排污核算、总结发布几个阶段。

此次普查，共组建了普查专门工作机构238个，落实了办公场所和必要的办公设备，各级普查工作机构抽调专兼职人员共计1449名（其中专职人员524名、兼职人员925名），落实第二次全国污染源普查经费1.123亿元，共选聘人员4112（含农业源165名），其中普查指导员1129名，普查员2983名，70家第三方机构645人参与普查工作；共出动47931人次现场清查各类污染源11.52万家，确认纳入普查名录31408家。经普查入户调查，删除不纳入普查范围和重复污染源808个，新增纳入普查污染源2543个，全区确定普查对象40472个（含入河排污口78个）。

根据《新疆维吾尔自治区第二次全国污染源普查档案管理实施细则》的要求，对本级污普档案资料进行了整理和归类。全疆整理出档案资料共计13704盒/套，其中管理类档案2160盒、污染源类档案10600盒、财务类档案218盒、声像实物类档案509盒/套、其他类档案217盒/套。

自治区污染源普查成果已应用于自治区地下水基础环境状况调查评估工作、排污许可证发放、“三线一单”编制等环境管理工作中。自治区环境保护科学研究院已立项开展重点区域生活源锅炉对大气环境质量影响初步研究、乌昌地区工业源环境监管与应急对策研究。各级人民政府也依据普查结果，对普查中存在的散乱污企业进行了关停、取缔。下一步污染源普查成果将应用于自治区“十四五”经济发展规划及生态环境保护规划等各方面，为自治区经济发展和生态保护提供坚实技术支撑。

2020年5月21日，以农业农村部科技教育司副司长李波同志为组长的国家普查办验收组，采取视频验收的方式对自治区第二次全国污染源普查工作进行了验收，验收组充分肯定了新疆普查工作的特色和所取得的成绩，自治区第二次全国污染源普查工作顺利通过国家验收。